Setelah masuknya dan tersebarnya agama Islam di Indonesia, agama Islam juga berkembang dengan baik dan pesat. Salah satu buktinya adalah kerajaan kerajaan yang bercorak Islam seperti Kerajaan Samudra Pasai, Kerajaan Demak, Kerajaan Aceh, Kerajaan Malaka, dan Kerajaan Mataram Islam, dan masih banyak lagi. salah satu nya adalah Kerajaan Mataram Islam yang sangat menarik untuk kita bahas, karena kerajaan ini juga ada hubungannya dengan Kerajaan sebelumnya yang sudah runtuh, yaitu Kerajaan Pajang, dan juga keberadaan VOC ada di masa kerajaan ini.
Di Kerajaan Pajang sebelumnya, Ki Gede Pemanahan yang diberi hadiah berupa tanah di daerah Mataram oleh Jaka Tingkir digantikan oleh putranya yang bernama Sutawijaya yang bergelar Adipati Mataram. Selanjutnya, Sutawijaya memasukkan Kerajaan Pajang ke Kerajaan Mataram Islam dan mendirikan Kesultanan Mataram. Sutawijaya bergelar Panembahan Senapati. Anak Panembahan Senapati, yaitu Mas Jolang menggantikan tahta ayahnya. Mas Jolang mendapatkan gelar Panembahan Seda Krapyak.
Di tahun 1613, Sultan Agung berkuasa dan menggantikan ayahnya, yaitu Mas Jolang. Kehadiran VOC yang mendirikan kantor dagang di Jepara, diserang Sultan Agung. Selanjutnya, VOC mendirikan kantor dagangnya di Batavia, namun hal itu mengancam kekuasaan Mataram. Lalu Sultan Agung menyerang Batavia melalui Baurekso, meskipun gagal, namun JP. Coen terbunuh. Serangan berikutnya dipimpin oleh Suro Agul Agul dan kembali gagal. Penyerangan berikutnya disiapkan lagi, namun sayangnya Sultan Agung wafat sebelum cita citanya tercapai. Beliau digantikan oleh Amangkurat I.
Amangkurat I ternyata bekerjasama dengan VOC dan beliau memerintah dengan kejam dan lalim, sehingga menimbulkan tindak pemberontakan oleh Trunojoyo. Trunojoyo berhasil merebut Mataram, dan Amangkurat I wafat dalam perjalanan melarikan diri setelak keraton Mataram berhasil di tangan Trunojoyo.
Di tahun 1677, VOC menjanjikan tahta kepada anak Amangkurat I, yaitu Amangkurat II dengan syarat VOC dapat memonopoli perdagangan dan pantai utara Jawa digadaikan ke VOC. Persetujuan ini akhirnya disetujui oleh Amangkurat II dan VOC mendirikan keraton untuk Amangkurat II di Kartasura.
Di tahun 1679, Trunojoo ditangkap dan ditusuk oleh Amangkurat II dengan kerisnya sendiri. Pada tahun 1684, bekas budak dan serdadu VOC yang bernama Untung Surapati, melawan VOC. Upaya Surapati melawan VOC berhasil mengusir perwakilan VOC dari Mataram dan mendirikan keraton di Bangil, Pasuruan.
Di tahun 1690, Amangkurat II menyerang Surapati namun usahanya gagal. Pada tahun 1703, Amangkurat II digantikan oleh putranya, yaitu Amangkurat III (Sunan Mas). Amangkurat III menentang VOC, dan VOC mengangkat saudara Amangkurat III yaitu Pangeran Puger.
Tahun 1706 Amangkurat III mendukung Untung Surapati melawan VOC namun sayangnya Surapati meninggal dunia di Bangil. Di tahun 1708 Amangkurat III melanjutkan perjuangannya dalam melawan VOC namun akhirnya beliau tertangkap dan dibuang ke Srilangka. Hal itu membuat Mataram menjadi kekuasaan Pangeran Puger yang bergelar Pakubuwono I. Di tahun 1743, pada masa pemerintahan Pakubuwono II, pantai utara Jawa diserahkan ke VOC, hal tersebut menyebabkan Mataram terputus dari laut dan tidak memiliki pelabuhan.
Di tahun 1743, Pakubuwono III menggantikan ayahnya yaitu Pakubuwono II. Beliau juga mengakui bahwa beliau adalah raja yang takluk kepada VOC, sehingga hal ini menimbulkan perlawanan dari Mas Said dan Pangeran Mangkubumi. Pasukan Mataram dan VOC kalah. Di tahun 1755 perlawanan ini berhasil ditahan oleh VOC setelah membujuk Pangeran Mangkubumi dan Mas Said untuk mengadakan perjanjian yang disebut dengan Perjanjian Gianti dan Perjanjian Salatiga.
Perjanjian Gianti berisi: pembagian Mataram menjadi dua yaitu Yogyakarta dan Surakarta. Yogyakarta diserahkan kepada Pangeran Mangkubumi dengan gelar Hamengkubuwono I atau HB I dan Surakarta tetap berada pada kekuasaan Paku Buwono III.
Di tahun 1757, ada Perjanjian Salatiga yang berisi: pemberian kekuasaan sebagian Surakarta kepada Mas Said dengan gelar Mangkunegaran.
Pada tahun 1813 mulai terjadi kemunduran. Yogyakarta dikurangi wilayahnya oleh Inggris yang berada di bawah pemerintahan Raffles. Mataram dipecah menjadi Kesultanan Yogyakarta dan Pakualaman.
Keturunan dari Hamengkubuwono I yang terkenal hingga kini adalah Sultan Hamengkubuwono X.
Berikut ini adalah corak kehidupan budaya dan agama pada Kesultanan Mataram:
Pembuatan tahun Jawa, perpaduan kalender Hindu dengan kalender Islam (Hijriah)
Menyusun kitab terkenal yaitu Sastra Gending.
Membuat perpaduan hukum Islam dan budaya Jawa yang disebut Surya Alam.
Tumbuhnya kebudayaan Kejawen yaitu perpaduan atau akulturasi dari budaya Jawa Asli, Hindu, dan Islam. Misalnya: Grebeg Maulid, tahlilan 40 harian.
